1.与企业长期发展目标不一致
市场中大多数制造企业的预算管理制度虽然是从当前企业发展情况出发制定，但一般只是考虑了当下的目标却没有充分考虑企业的长远发展，并以此制定相关的预算管理计划，从而出现了进行成本降低的计划与企业的长期发展目标存在严重的分歧。企业重于眼前利益可能会对长远的发展及投资产生比较消极的影响。企业不从长期发展的根本目标进行成本的降低，而是侧重于“降低成本、减员增效”，最终的结果便是成本的反复增长，没有在实质上进行成本的管控。
2.对业务的支持程度不够
财务部门与业务部门应当是来往比较密切的两个部门，应该共同参与成本的管理，如此才可方便成本预算的精细化管理。但是，两个部门之间缺乏必要的交流与沟通，财务业务工作并没有进行有效的融合，这主要是由于财政部门对业务部门的支持力度不大引起的。同时，两方之间的信息不能进行及时的共享，容易造成操作环节的重复，可能会引发一个部门、工序、操作的成本降低，但是提升了其他单元的成本。同时，若是一味追求成本的降低，不断降低采购材料的成本，最终出现产品不合格的现象，这对于制造业而言是得不偿失的。成本管理部门没有合适的标准对业务开展的各个流程进行成本的标准控制，这对于企业的发展是比较不利。

3.成本核算方法粗放不准确
粗放的核算方式主要以降低成本为核心的内容，缺乏对成本体系的管控处理；成本费用的分摊也没有从精细化管理视角进行考虑管控。没有经过正确分析审核的信息数据是无法为成本管理的决策提供有效的信息的，甚至导致管理层作出错误的决定。目前，许多制造企业对于成本管控的认识比较狭隘，一般仅会从生产耗费活动进行成本的管控处理，却是没有从研发、供应、销售等环节进行降低成本的考虑。同时，制造业在成本的管理中一般是重形式过于成本计划的严格执行，缺少成本预算的编制。
4.企业没有对成本管理进行有效的监控与考核
制造业一般是安排财务人员进行成本的控制管理，没有安排生产技术和经营管理部门的人员参与。一般而言，设计、生产、采购等环节是进行成本的监控的主体，但是财务人员只是进行成本支出的统计及进行财务数据的分析与管理，其数据主要是通过手工进行，却没有充分利用大数据系统对财务数据进行有效的分析。这在本质上使企业对成本管理的监控与考核力度并不足，长期如此对于企业的发展是比较不利的。